Trong lĩnh vực xuất nhập khẩu và đầu tư nước ngoài, khái niệm doanh nghiệp chế xuất (DNCX) và khu phi thuế quan thường xuyên được nhắc đến và đôi khi gây nhầm lẫn. Nhiều người thắc mắc liệu doanh nghiệp chế xuất có được xem là một loại hình khu phi thuế quan hay không, và nếu có, thì có được hưởng các chính sách thuế, hải quan ưu đãi tương ứng hay không?
Đây là một vấn đề quan trọng không chỉ đối với bộ phận kế toán – thuế mà còn liên quan trực tiếp đến việc quản lý hàng hóa, thủ tục nhập khẩu – xuất khẩu, đặc biệt là khi DNCX giao dịch với nội địa hoặc doanh nghiệp khác trong khu phi thuế quan.
Bài viết dưới đây sẽ giúp bạn làm rõ khái niệm doanh nghiệp chế xuất, phân biệt với khu phi thuế quan, đồng thời giải đáp các chính sách thuế liên quan theo đúng quy định pháp luật hiện hành.
1. Doanh nghiệp chế xuất có phải khu phi thuế quan không?
Câu trả lời là có. Theo quy định pháp luật hiện hành, doanh nghiệp chế xuất được xem là một dạng khu phi thuế quan.
Cụ thể, theo khoản 21 Điều 2 Nghị định 35/2022/NĐ-CP, doanh nghiệp chế xuất (DNCX) được định nghĩa là doanh nghiệp thực hiện hoạt động chế xuất trong khu chế xuất, khu công nghiệp hoặc khu kinh tế. Đây là những doanh nghiệp chủ yếu sản xuất hàng hóa để xuất khẩu, được hưởng cơ chế quản lý và ưu đãi riêng biệt so với doanh nghiệp thông thường.
Bên cạnh đó, khoản 1 Điều 4 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu năm 2016 định nghĩa khu phi thuế quan là khu vực kinh tế nằm trong lãnh thổ Việt Nam nhưng được ngăn cách với khu vực bên ngoài bằng hàng rào cứng, có kiểm tra giám sát hải quan, và hoạt động giao thương với bên ngoài được coi là xuất nhập khẩu. Điều này đồng nghĩa với việc các khu vực này hoạt động như một “vùng lãnh thổ thuế quan độc lập” trong phạm vi nội địa.
Đặc biệt, khoản 20 Điều 4 Thông tư 219/2013/TT-BTC – văn bản hướng dẫn thi hành Luật Thuế GTGT – đã khẳng định rõ:
“Khu phi thuế quan bao gồm: khu chế xuất, doanh nghiệp chế xuất, kho bảo thuế, khu bảo thuế, kho ngoại quan, khu kinh tế thương mại đặc biệt, khu thương mại – công nghiệp và các khu vực kinh tế khác được thành lập và được hưởng ưu đãi về thuế như khu phi thuế quan theo quyết định của Thủ tướng Chính phủ.”
Như vậy, doanh nghiệp chế xuất là một loại hình thuộc khu phi thuế quan, đồng thời quan hệ mua bán giữa doanh nghiệp chế xuất với doanh nghiệp nội địa được xem là quan hệ xuất khẩu – nhập khẩu, phải thực hiện đầy đủ thủ tục hải quan và tuân thủ các quy định về thuế tương ứng.

2. Ưu đãi đối với doanh nghiệp chế xuất theo Nghị định 35?
Theo khoản 3 Điều 26 Nghị định 35/2022/NĐ-CP, doanh nghiệp chế xuất (DNCX) được hưởng các ưu đãi đầu tư và chính sách thuế như một khu phi thuế quan. Tuy nhiên, để được áp dụng đầy đủ các chính sách này, DNCX cần đáp ứng một số điều kiện nhất định.
Thời điểm được áp dụng ưu đãi là kể từ khi mục tiêu đầu tư thành lập doanh nghiệp chế xuất được ghi nhận trong một trong các văn bản sau:
-
Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư;
-
Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư điều chỉnh (nếu có);
-
Giấy xác nhận đăng ký doanh nghiệp chế xuất do cơ quan đăng ký đầu tư có thẩm quyền cấp.
Sau khi hoàn thành việc xây dựng nhà máy, nhà xưởng…, doanh nghiệp chế xuất phải được cơ quan hải quan xác nhận đáp ứng đầy đủ điều kiện về kiểm tra, giám sát hải quan theo quy định pháp luật. Đây là điều kiện bắt buộc để có thể chính thức được hưởng các ưu đãi thuế như các khu phi thuế quan.
Trường hợp không đáp ứng điều kiện hải quan (ví dụ chưa xây dựng hàng rào cứng, chưa có biện pháp kiểm tra – giám sát hàng hóa ra vào…), thì doanh nghiệp chế xuất sẽ không được hưởng chính sách thuế ưu đãi áp dụng cho khu phi thuế quan.
Toàn bộ quá trình kiểm tra, xác nhận điều kiện giám sát hải quan sẽ được thực hiện theo quy định của pháp luật về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu hiện hành.

3. Trình tự, thủ tục thành lập doanh nghiệp chế xuất được quy định như thế nào?
Tùy từng trường hợp cụ thể, thủ tục thành lập doanh nghiệp chế xuất (DNCX) sẽ khác nhau. Theo quy định tại Nghị định 35/2022/NĐ-CP, quá trình thành lập DNCX có thể diễn ra theo 3 hình thức dưới đây:
(1) Trường hợp thành lập DNCX đồng thời với việc xin Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư
-
Nhà đầu tư cần chuẩn bị bản cam kết về khả năng đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan (theo quy định pháp luật về thuế xuất – nhập khẩu).
-
Nộp bản cam kết này kèm theo hồ sơ đề nghị cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư theo quy định của Luật Đầu tư.
-
Sau đó, cơ quan đăng ký đầu tư sẽ cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, trong đó ghi rõ mục tiêu là thành lập doanh nghiệp chế xuất.
(2) Trường hợp thành lập DNCX không đồng thời với thủ tục cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư
-
Nhà đầu tư nộp 01 bộ hồ sơ cho cơ quan đăng ký đầu tư nơi đặt trụ sở DNCX. Hồ sơ bao gồm:
-
Các tài liệu liên quan đến dự án đầu tư (theo Luật Đầu tư);
-
Bản cam kết đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan.
-
-
Trong vòng 3 ngày làm việc kể từ khi nhận đủ hồ sơ hợp lệ, nếu dự án không thuộc diện phải cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, cơ quan đăng ký đầu tư sẽ cấp Giấy xác nhận đăng ký doanh nghiệp chế xuất cho nhà đầu tư.
(3) Trường hợp dự án đầu tư thuộc diện phải chấp thuận chủ trương đầu tư
-
Nhà đầu tư nộp bản cam kết về điều kiện kiểm tra, giám sát hải quan cùng với hồ sơ đề nghị chấp thuận chủ trương đầu tư, theo đúng trình tự Luật Đầu tư.
-
Sau khi dự án được chấp thuận chủ trương, cơ quan đăng ký đầu tư sẽ thực hiện một trong hai hướng sau:
-
Nếu dự án không thuộc diện cấp Giấy chứng nhận đầu tư: Cơ quan đăng ký đầu tư sẽ cấp Giấy xác nhận đăng ký doanh nghiệp chế xuất trong vòng 3 ngày làm việc.
-
Nếu dự án thuộc diện phải cấp Giấy chứng nhận đầu tư: Cơ quan sẽ ghi nhận mục tiêu thành lập doanh nghiệp chế xuất trực tiếp trong Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư.
-

Kết luận
Như vậy, theo quy định của pháp luật hiện hành, doanh nghiệp chế xuất là một loại hình khu phi thuế quan. Khi đáp ứng đầy đủ điều kiện về kiểm tra, giám sát hải quan, doanh nghiệp chế xuất sẽ được hưởng các chính sách ưu đãi về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, thuế giá trị gia tăng như các khu phi thuế quan khác.
Tuy nhiên, để được công nhận là khu phi thuế quan và được áp dụng các chính sách ưu đãi tương ứng, doanh nghiệp chế xuất cần hoàn thiện đầy đủ thủ tục thành lập và được xác nhận đủ điều kiện hải quan theo quy định. Do đó, nhà đầu tư và doanh nghiệp cần nắm rõ các quy trình pháp lý ngay từ giai đoạn đầu để tránh những rủi ro pháp lý, đồng thời tối ưu hóa được các lợi thế về thuế và đầu tư.